Záhrada vznikla na konci 19. storočia, keď si Prüger-Wallnerovci postavili vilu na severnom konci Havlíčkovej ulice, ktorá stojí dodnes. Členitý terén záhrady upravili v okolí vily ako okrasnú záhradu v prírodno-krajinárskom štýle, zvyšná časť pozemku slúžila ako úžitková záhrada. Po 2. svetovej vojne záhrada postupne pustla a z pôvodných záhradných úprav sa nezachovalo takmer nič.

Po niekoľkých desaťročiach bez koncepčnej starostlivosti začalo hlavné mesto SR Bratislava v spolupráci s partnermi záhradu revitalizovať. Záhradu priebežne upravujeme a čistíme, pribudol prírodný mobiliár, hracie prvky pre deti, drevené chodníčky a podrobné informačné tabule o vzácnej biodiverzite záhrady. Súčasťou revitalizácie je zvýšenie stromovej vegetácie.

Záhrada je pre návštevníkov otvorená v mesiacoch október až marec od 8:00 do 18:00 hod. a počas apríla až septembra od 8:00 do 20:00 hod.

Prevádzkovateľom Prírodného areálu Záhrada Prügerka je hlavné mesto SR Bratislava/Mestská časť Bratislava-Staré Mesto.