Neoceniteľná hodnota a zvláštnosť Pálffyho paláca spočíva v skutočnosti, že v jedinom architektonickom objekte je zachytených a viditeľných množstvo zásadných historických a architektonických etáp vývoja Bratislavy. V suteréne sa nachádzajú dôkazy keltského osídlenia (oppidum) z 1. storočia n. l.. Rímske obdobie ilustruje množstvo sekundárne použitého stavebného materiálu v murive objektu – zreteľne je viditeľné v zachovaných ranostredovekých múroch románskeho paláca z 13. storočia.
V suteréne a na prvom poschodí budovy bolo pri záchrannom výskume v rokoch 1981 – 1987 objavené jadro mestského gotického paláca s kaplnkou – hviezdicová klenba z 15. storočia. Časť pôvodného muriva, možno vidieť aj na treťom poschodí vo výstavnej sieni.
Ďalšie stavebné úpravy pochádzajú zo 17. a 19. storočia (v neskoroklasicistickom slohu). V 18. storočí získali palác do vlastníctva Pálffyovci a až do rozpadu Rakúsko-uhorskej monarchie im slúžil na reprezentačné účely. Po smrti posledného majiteľa, grófa Jánosa Pálffyho, filantropa, mecéna a zberateľa umenia európskeho formátu, sa palác stal sídlom Galérie mesta Bratislavy (1987).
V súčasnosti je stav tejto významnej národnej kultúrnej pamiatky v nevyhovujúcom, miestami až havarijnom stave. V roku 2021 reštaurovala GMB stropy nad hlavným schodiskom a v menšom výstavnom priestore na 2. poschodí.
Hlavné schodisko, ako aj omietky v okolitých priestoroch, je potrebné taktiež odborne očistiť a vymaľovať. Tento zásah výrazne zvýši vizuálnu atraktívnosť interiéru, ako aj celkový dojem z návštevy GMB.